John Wesley lahir pada tahun 1703 di Epworth, 23 mil (37 km) sebelah barat laut Lincoln, sebagai anak ke-15 dari pasangan Samuel Wesley dan Susanna Wesley (née Annesley).[4][5] Samuel Wesley adalah seorang lulusan University of Oxford dan penyair yang sejak tahun 1696 menjadi rektor (pastor kepala paroki) Epworth. Pada 1689, beliau menikahi Susanna, anak ke-25 dari Samuel Annesley, seorang pastor pembangkang dari Gereja England. Beliau kemudian melahirkan 19 anak, 9 di antaranya meninggal ketika masih kanak-kanak. Sebagai orang-orang dewasa muda, beliau dan Samuel Wesley telah menjadi anggota Gereja England.[petikan diperlukan]

Sebagaimana halnya banyak keluarga kala itu, orang tua Wesley memberi anak-anak mereka pendidikan awal. Setiap anak, termasuk anak-anak perempuan, diajari membaca begitu mereka dapat berjalan dan berbicara. Mereka diharapkan memperoleh kecakapan dalam bahasa Latin dan Yunani serta mempelajari bagian-bagian utama Perjanjian Baru dengan hati. Susanna Wesley menguji setiap anak sebelum waktu makan siang dan sebelum doa malam. Semua anak tidak diperbolehkan makan di sela-sela waktu makan dan secara khusus diinterviu oleh ibu mereka pada suatu malam setiap minggunya demi pengajaran rohani secara intensif. Pada 1714, saat usianya 11 tahun, Wesley dimasukkan ke Charterhouse School di London (di bawah kepemimpinan John King sejak 1715), tempat beliau untuk sementara waktu menjalani kehidupan religius yang metodis dan sungguh-sungguh, yang telah biasa beliau jalani di rumah.[petikan diperlukan]

jmpl|ka|Penyelamatan John Wesley muda dari pastoran yang terbakar. Mezzotint karya Samuel William Reynolds. Terlepas dari didikan disiplin yang diterimanya, kobaran api yang membakar pastoran yang ditinggalinya ketika Wesley berusia 5 tahun, yang terjadi pada 9 Februari 1709, meninggalkan suatu impresi yang tak terhapuskan. Sekitar pukul 11 malam, atap pastoran tersebut terbakar. Percikan api berjatuhan di semua ranjang anak-anak dan teriakan-teriakan "api" dari jalan membangunkan keluarga Wesley yang berhasil memandu semua anak mereka keluar rumah, kecuali John yang tertinggal di lantai atas.[6] Dengan tangga yang menyala terbakar dan atap yang hampir roboh, Wesley diangkat keluar dari suatu jendela oleh seorang umat paroki yang berdiri di atas bahu orang lainnya. Wesley kelak memanfaatkan frasa "puntung yang telah ditarik dari api", dengan mengutip Zakharia 3:2, untuk menggambarkan kejadian tersebut.[6] Kejadian pembebasan masa kecil tersebut kemudian menjadi bagian dari legenda Wesley, disebut sebagai penegasan takdir khusus dan karya luar biasanya.